1994年，为建设日本国无偿援助项目中日合作闽江洪水预警报系统，成立了福建省闽江洪水预警报中心，专门负责闽江洪水预警报系统建设、维护和管理工作，为财政全额拨款事业单位；2006年，更名为福建省洪水预警报中心，加挂福建省水利信息中心牌子；2009年，经省人事厅批准列入参照公务员管理系列；2012年，加挂全球网赌十大网站行政服务中心，挂靠省水利信息化中心。

根据“三定”方案，主要职能是：实施全省江河洪水预警报系统的规划、建设、管理等技术事务工作；承担雨水情实时监测和洪水预警报工作，参与防洪调度会商；承担水利信息化规划、建设和管理工作；承担全球网赌十大网站赋予的厅行政审批服务和厅政府信息公开、网上审批技术支撑、厅网络中心和厅机关计算机及网络系统维护管理等工作。

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